El Museo, junto con la Iglesia, el Patio de los Naranjos y el de Clausura; conformaron el núcleo más significativo del viejo Colegio.

Al reabrirse el Colegio en 1862, iniciando la Orden sus tareas apostólicas y educativas, se le restituyen a la Compañía de Jesús parte de sus bienes de la denominada “Iglesia y Convento de la Merced”, conformado por un conjunto de edificaciones coloniales que se encontraban en pésimo estado. Por ello en 1863 “… se trabajó en lo más antiguo que ahora existe, o sea el dormitorio sobre la calle López, y que arranca del ángulo mismo que forma el crucero de la iglesia, y debajo de este dormitorio, cuya extensión debió ser de unos treinta o más metros, se formó una sala de estudios” y en estos ámbitos, últimos vestigios del primitivo Colegio, años más tarde se instalaría el Museo.

El Rector P. Luis de Maussión, SJ en 1981 propuso a la Asociación de Exalumnos la creación del Museo del Colegio en las antiguas aulas detrás de la Sacristía, conformando con la Iglesia, el Patio de los Naranjos y el de la Clausura, el núcleo más significativo del viejo Colegio, “… el más antiguo que existe en la República Argentina…”.

Con los objetivos de “Preservar, mostrar y difundir la obra evangelizadora y educativa de la Compañía de Jesús en la comunidad santafesina”, es inaugurado solemnemente el 14 de agosto de 1982, en ocasión de conmemorarse los 120 años de la reinstalación de los Jesuitas en Santa Fe y de la reapertura del Colegio.

En él se exponen elementos sagrados tales como custodias, cálices, misales, ornamentos litúrgicos, relicarios, imaginería, etc. En sus otros espacios se exhiben instrumentos y elementos de todo tipo perteneciente a los antiguos gabinetes de física y química, utilizados durante años por los alumnos con los que realizaban experiencias pioneras en su tipo. En virtud a sus valores históricos, simbólicos y patrimoniales, el Museo del Colegio de la Inmaculada Concepción es Monumento Histórico Provincial desde 1994, y ha sido declarado Monumento Histórico Nacional en el año 2000.